国际货运代理开发票税是免税的。
2014年7月份，税务总局公告明确，纳税人通过其他代理人，间接为委托人办理货物的国际运输、从事国际运输的运输工具进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续，可按规定免征增值税。但向委托人收取的全部代理服务收入，以及向其他代理人支付的全部代理费用，必须通过金融机构进行结算，否则不能免税。
提供国际运输、港澳台运输的，应从增值税零税率应税服务提供者申报中抽取若干申报记录审核以下内容：
1、所申报的国际运输、港澳台运输服务是否符合适用增值税零税率应税服务的规定；
2、所抽取申报记录申报应税服务收入是否小于或等于该申报记录所对应的载货或载客舱单上记载的国际运输、港澳台运输服务收入；
3、采用期租、程租和湿租方式租赁交通运输工具用于国际运输服务和港澳台运输服务的，重点审核期租、程租和湿租的合同或协议，审核申报退（免）税的企业是否符合适用增值税零税率应税服务的规定。
《应税服务适用增值税零税率和免税政策的规定》
第三条 增值税零税率应税服务适用范围按财政部、国家税务总局的规定执行。
起点或终点在境外的运单、提单或客票所对应的各航段或路段的运输服务，属于国际运输服务。
起点或终点在港澳台的运单、提单或客票所对应的各航段或路段的运输服务，属于港澳台运输服务。
从境内载运旅客或货物至国内海关特殊监管区域及场所、从国内海关特殊监管区域及场所载运旅客或货物至国内其他地区或者国内海关特殊监管区域及场所，以及向国内海关特殊监管区域及场所内。
另一方面，3月18日起 RCEP将对马来西亚生效我国将与马来西亚相互实施RCEP协定税率。
据新华社，从国务院关税税则委员会办公室了解到，区域全面经济伙伴关系协定（RCEP）将于2022年3月18日起对马来西亚开始生效实施。为严格履行协定承诺，积极推动RCEP全面生效实施，国务院关税税则委员会发布公告，自2022年3月18日起，对原产于马来西亚的部分进口货物实施RCEP东盟成员国所适用的第一年税率。
